重巡洋艦（Heavy cruiser）とは、第二次世界大戦までは、主砲口径が6.1インチ以上の巡洋艦を指すのが一般的である。尚、巡洋戦艦は戦艦並みの攻撃力を有しながらも、巡洋艦並みの高速性を持つ艦種とされ、しばしば巡洋艦と分類されることもあるが、戦艦に分類される場合もあるため、巡洋戦艦を除いた純粋な巡洋艦の中で最も大型のものを重巡洋艦と定義するのが一般的でもあるが、海上戦力の主兵器が砲撃からミサイルに取って代わることにより、重巡軽巡に区別する必要がなくなったために一度は廃れた艦種でもあった。

　ワープ航法が開発されるに到り、重巡洋艦には新しい定義が当てはめられた。ディープ・スペース・ミッションに対応し、自衛の為の戦闘能力を有する汎用艦の必要性が高まった。そして、それら汎用艦は重巡洋艦として定義されるようになった。

　宇宙艦隊の著名な艦であるコンスティチューション級は重巡洋艦として定義されていたが、クリンゴンは同クラスを巡洋戦艦相当の戦闘力であると称した。（スタートレック3：ミスター・スポックを探せ）　また、アンバサダー級も重巡洋艦と定義されていた。（TNG:恐るべき陰謀）　別の時間軸においてアンバサダー級は単に巡洋艦と称されていた。（TNG:亡霊戦艦エンタープライズ“C”）

重巡洋艦とされるその他のクラス編集

　重巡洋艦とされる各種クラス。（Star Trek: Deep Space Nine Technical Manual）

• アキラ級
• ディデリデクス級
• ジェムハダー巡洋戦艦
• ケルドン級
• ヴォルチャ級