セクター司令（Sector commander）は、特定のセクターにおいて宇宙艦の運用等を行っている士官である。主に宇宙基地から司令を出す。

　22世紀において、ウタン・ナース提督は第12宇宙基地を含むセクターの司令官であった。（TNG:亡霊反逆者）

　2365年、ナカムラ中将はセクター23の司令官となり、新設された第173宇宙基地にオフィスを持っていた。（TNG:人間の条件）